角色逝世
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在单行本第47册里，竟出现松阪老师的男友行田德郎在南美洲的自杀炸弹恐怖袭击中罹难的情节；当德郎的教授到日本向松阪老师致意时，除了对自己邀请德郎到那么危险的国家工作感到自责外，也要求松阪老师“千万不能随德郎而去”。松阪老师露出了坚强的神色，表示绝对不可能作出这种事来。但是当教授走后，松阪老师从附近草丛里拿出了威士忌来，一边喝著一边流泪一边说：“德郎先生……我马上就要到你那里去了。（徳郎さん…もうすぐあなたの所へ行くからね。）”
这在读者间掀起很大的争议，为何与一贯的喜剧性质背道而驰。而后松阪老师在酒醉之际遇上麻烦，被三木拳击馆负责人看上，同意拳击赛的要求和训练，但是是抱著“连死都不怕”的心情。在比赛中，松阪老师屡次正面接受攻击，呈现一面倒的状态。此时，小新带来德郎给松阪老师的信，幼稚园的人也赶到劝阻，教练在一旁读信，松阪老师也跟著内容振作起来。最后拳击赛在小新的“黄色呼喊”下结束。电视动画方面也因为此原因没有播出第45卷～第47卷的内容，同时也更改了德郎医生的设定，在电视动画版中德郎还是有去海外工作，但并没有发生恐怖袭击罹难的经历。
中国大陆出版问题
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本作漫画和动画音像出版物在中国大陆原来均为陕西师范大学出版社发行，但是因为政府意识形态的保守，动画遭到打压，漫画也仅仅引进到第32卷。而后该出版社版权到期，漫画版权被连环画出版社夺得（当时出版方在接受媒体采访时强调，《蜡笔小新》在日本定位是“青年漫画”，因此，新版会删除一些不适合的内容[15]），计划交由北京中少动漫制作发行，但由于中少动漫力求再现原作内容，迟迟无法通过新闻出版署的审批。2011年，漫画版权再度转手至世界图书出版公司北京公司，但7月该公司又将版权交给了现代出版社。2012年1月，该出版社以《蜡笔小新成人怀旧绘本》为名出版了全套25卷的简体中文版本，大致上该版本的一卷包含原版单行本两卷内容，但内容上有所删改，章节顺序相对原版单行本亦有所改动[16]。
中国大陆商标问题
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1997年，中国大陆的多家企业在未征得双叶社的同意前，擅自先行把“蜡笔小新”这个名称注册成为商标[17]。因此，双叶社的产品在中国大陆不能采用“蜡笔小新”来作为商标，而要使用“Shinchan”这个名字[18]。
2004年，双叶社在中国大陆发售的衣料品及其他商品，被先占用“蜡笔小新”的中国大陆公司控告“侵权”，并要求有关商店撤走有关“仿冒商品”[17]。2005年1月，双叶社以由第三者拥有的商标是否有效而提出诉讼[19]。
2006年9月，北京市第一中级人民法院驳回这起诉讼，原因是双叶社尽管持有《蜡笔小新》商标的著作权，但在中国大陆不能销售商品。双叶社认为该判决不公，而向北京市高级人民法院提出上诉。[20]
